Þjóðgarðurinn heyrir undir Umhverfis- og auðlindaráðuneytið og skiptist í fjögur rekstrarsvæði. Suðursvæði Vatnajökulsþjóðgarðs er á Suðausturlandi, að stærstum hluta innan sveitarfélagsins Hornafjarðar. Þjóðgarðsmörkin fylgja jökuljaðrinum víðast hvar en á nokkrum stöðum ná mörkin niður á láglendið. Með friðlýsingu Breiðamerkursands í júlí 2017 nær Vatnajökulsþjóðgarður í fyrsta sinn frá jökli og í sjó fram, fram að því hafði stærsta láglendissvæðið verið í Skaftafelli. Tvær gestastofur eru á suðursvæðinu: Í Skaftafelli og á Höfn. Í Skaftafelli er einnig rekið tjaldsvæði og veitingasala. Merktar gönguleiðir eru í Skaftafelli, Hjallanesi, Heinabergi og Hoffelli. Yfir sumarið sjá landverðir um fræðsluferðir í Skaftafelli.

Starfsemi Vatnajökulsþjóðgarðs er fjölbreytt. Í stuttu máli má segja að starfsemin felist í þjónustu við náttúru þjóðgarðsins, gesti og nærsamfélag. Starfsmenn sinna m.a. rekstri svæðis, fræðslu, samstarfsverkefnum og uppbyggingu innviða.

Hjá Vatnajökulsþjóðgarði eru eftirtaldir starfsmenn í heilsársstöðum. Allt árið um kring eru einnig starfandi landverðir og annað starfsfólk í Skaftafelli, á Breiðamerkursandi og á Höfn.